Com a chegada do verão amazônico, as chuvas ficam mais escassas durante os meses de abril a novembro no estado de Rondônia e o nível do rio Madeira, no período da vazante, chega a aproximadamente dois metros. Apesar desses dois eventos serem popularmente associados, as chuvas locais não impactam expressivamente o volume das águas. Segundo os especialistas, os fenômenos El Niño e La Niña e o degelo dos Andes, são os responsáveis por interferir nas condições climáticas gerando muita chuva ou muita seca, afetando o fluxo da bacia. Esse comportamento é sazonal e dependendo de outros fatores, as secas variam de intensidade.